尽管商标法并未规定商标共存协议在商标近似性判断中的效力，但经实践积累，商评委与法院已普遍接受商标共存协议可以作为商标近似性判断的考量因素。然而，商标共存协议可以在多大程度上影响商标近似性判断仍存争议。
据悉最高人民法院2016年12月23日在“NEXUS”商标驳回复审再审案中接受谷歌公司提交的其与引证商标注册人签订的商标共存协议，并据以判决使用在手持式计算机、便携式计算机商品上的“NEXUS”商标与使用在自行车用计算机商品上的“NEXUS”商标不构成近似商标。受该案影响，2017年司法实践中对共存协议的接受程度明显提高。经统计，2017年因接受商标共存协议而判定商标不近似的败诉案件共计91起，较去年有所增加。与往年相同，相关案件中涉及的共存协议基本都是在行政诉讼程序中达成并提交，故行政诉讼中进行近似性审查判断的基础与行政程序中的审查判断基础已经发生显著变化，因此，因共存协议败诉的案件亦可归结为情势变更情形。
关于共存协议问题，我们仍然坚持在2016年行政诉讼情况汇总分析中的观点：商标共存协议可以减轻商标之间的混淆可能性，但并不能当然取代混淆可能性审查，成为在后商标获准注册的充分理由。
严格来讲，商标权虽为私权，但在先商标权人并无权作出同意他人商标注册的意思表示。其基于自身利益考虑，可以对他人商标注册作出放弃主张权利的意思表示。但该意思表示并不当然产生在后商标的注册不会造成商标法意义上的混淆的结果。商标注册是否具有混淆可能性，应当由法律授权的审查部门进行审查后决定。在商标授权确权程序中，当事人提交商标共存协议的目的在于说服审查部门相信在共存协议约定的条件基础之上双方商标的共存使用不会导致消费者混淆。审查机关综合考虑包括共存协议在内的可以影响混淆可能性的各项因素后作出判断。而当商标的基本构成要素：商标标志和商品相同或基本相同时，在先商标权人仅以共存同意书的形式表达放弃权利主张的意思表示，应不足以排除商标法意义上的混淆。正如二审法院在改判第16181926号“MIDO”商标案时所述“诉争商标标志与引证商标标志高度近似，即使考虑引证商标所有人出具同意书的情况，两商标共同使用在类似服务上，相关消费者亦会对服务来源产生混淆、误认”。因此，在商标标志高度近似，商品或者服务相同或者类似的情况下，不能仅以在先权利人的同意而核准在后商标注册。
以上由于情势变更、采信新证据以及采信共存协议败诉的案件在一审败诉案件中合计占比46.1%，接近一审败诉案件的一半。在二审败诉案件中合计占比37.3%，亦占有相当比重。上述三种败诉原因皆是由于行政诉讼中案件基础事实发生变化导致，并不直接体现为行政机关与司法机关在法律适用上的分歧。
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